Строительство каменных зданий в XVI веке вышло за пределы монастырской ограды: доновременно с сооружением крепостных стен на юго-восточном склоне холма ("на Подоле") была поставлена Пятницкая церковь. Она строилась силами жителей расположенной рядом Служней слободы.

Церковь сильно пострадала в период героической обороны 1608-1610 годов. В 1621 патриарх Филарет своим указом отмечал, что враги Пятницкую церковь "разорили и престол ободрали". Вскоре после ремонта церкви здесь был организован женский Подольный монастырь; Опись 1641 года указывает в нем тринадцать огороженных забором келий

В 1681 году состоялось специальное постановление Московского собора о приспособлении Подольского монастыря для содержания там монахов. Троицким властям предписывалось "прежде бывшей Пятницкий монастырь огородить стоячим высоким тыном и построить четыре кельи с сенми по монастырскому чину, и таких безчинников в тот монастырь с Москвы ссылать... а за монастырь их отнюдь не спускать. Двадцать лет спустя провинившихся монахов стали ссылать на север, в более отдаленный от столицы Соловецкий монастырь, а этот снова передали в ведение Троицкого.