Объем церкви состоит из трех массивных кубов, поставленных друг на друга и образующих пирамидальную композицию, увенчанную пятиглавием.

Нижний куб сооружения прорезан высокой аркой проездных ворот, в северной пилоне которых размещена просторная лестница; она выводит на верхнюю площадку, где расположен стройный и нарядно убранный трехапсидный храм, увенчанный пятью вытянутыми вверх гранеными главами.

Многие элементы декора церкви Иоанна Предтечи точно повторяют детали убранства Трапезной: полуколонны в обрамлении прямоугольных рам с "кудрявыми" капителями коринфского типа, профили развитого карниза с модульонами, скульптурные "раковины" в верхней части стен, над окнами.

Надвратная церковь Иоанна Предтечи. 1693-1699..

Однако расположение полуколонн на фасадах четверика церкви совершенно необычно: они то неожиданно обрываются на половине высоты стены, то, как бы "подвешены" капителью к венчающему карнизу и, не доходя до пола, опираются на фигурные кронштейны.

Необычайны также восьмигранные окна, обрамленные вставками резного белого камня неповторяющегося рисунка.

Есть основание полагать, то стены церкви Иоанна Предтечи, подобно Трапезной и Чертогам, первоначально также были расписаны "в шахмат" и лишь в XIX веке получили красный цвет с белыми деталями.

Надвратная церковь Иоанна Предтечи. 1693-1699. Верхние два яруса.

Предтеченская надвратная церковь поставлена за проездной Красной башней. Между ними образовался небольшой дворик. Такие дворики играли определенную роль в системе оборонительных укреплений. К концу XVII века они потеряли оборонительное значение и создавались льшь по традиции, внося живописность в планировку комплекса. За первой глубокой аркой ворот перед посетителем, вошедшим в дворик, открывалась прекрасная картина: причудливые формы храма стремительно возносились ввысь, в глубину воздушного пространства.

Крепостная воротная башня с надвратной церковью. XVII в.

Галерея второго яруса. Апсиды.

Гульбище вокруг церкви сначала было открытым и только в его северо-западном углу была выгорожена одна келья; в ней можно увидеть интересную изразцовую печь, самую древнюю, из сохранившихся в монастыре.

Устроенная позднее крыша над гульбищем закрыла нижний ряд полуколонн четверика церкви, и теперь снаружи видны только их капители.

Своды недвратной церкви Иоанна Предтечи. Стенопись 1872 г.

Для внутреннего пространства храма, перекрытого четырехлотковым сомкнутым сводом с широким квадратным отверстием в основании центральной световой главы характерна устремленность ввысь. При небольших размерах в плане: 6,5 х 7,8 м, высота церкви от пола до скуфьи свода барабана составляет более 22 метров.